Besættelsen af Luthersk Missions Højskole varede i to et halvt år, men kun 2 elevhold blev helt aflyst.
Med den tyske besættelse begyndte en vanskelig tid for højskolerne, det gælder også for LMH. De første år forløb nogenlunde normalt, dog måtte skole stille tre værelser med opredte senge til rådighed for otte tyske officerer allerede fra april 1940 og et par måneder frem.
Desuden måtte man udlevere 81 madrasser og 11 feltsenge til indkvarteringer i Hillerød. I juli måned var der et ønske om, at benytte skolen til flere indkvarteringer, men LMH slap – i denne omgang. Skolelivet fortsatte så normalt ,som det var muligt.
I 1943 spidsede situationen til, og fra 18. september forventede man – i lighed med flere andre højskoler – at kunne få en beslaglæggelsesordre.
Skolens forstander, Frits Larsen fortæller i den anledning:
”En dag, jeg sad og talte med politifuldmægtig Oldenburg, Hillerød, sagde jeg: ’ Nu har vi kun et håb tilbage, og det er Gud.’ ’ Det er da også godt,’ svarede han, og tilføjede: ’ Men Gud kan opdrage os på anden måde end ved at høre vor bøn, som vi ønsker det.’ Og det er så sandt. Det var ligefrem godt at tale med politiet om det.”
Om morgenen den 27. april 1943 kom beslaglæggelsesordren, der gjaldt skolen uden inventar, og samme dag ryddede man skolen. Ved venners hjælp blev der samme dag flyttet 24 læs inventar ned på Frederiksborg Slot, andet kom andre steder hen. Dagen efter, den 28. april, kom værnemagtens fortrop for at varetage vagten på skolen. De gik straks i gang med at læse i en bunke aviser, der på vej i fyret. Her kunne de vel få oplysninger, der ellers var dem forment.
LMH satsede på at fortsætte sit virke, og man holdt så skole med to hold på et tidligere pensionat: ”Gilbjerghoved”. Af forskellige årsager måtte de næste to hold aflyses.
Befrielsen kom som bekendt den 4. maj 1945, og skolen blev rømmet for tyske soldater den 8. maj, men umiddelbart derefter blev skolen inddraget som opsamlingslejr for 490 tyske flygtninge. Langt de fleste af dem var kvinder, derudover 125 børn.
Denne ordning havde man protesteret imod over for frihedsrådet og socialministeriet. Forstander Larsen havde også en samtale med indenrigsministeren. Det eneste, man dog kunne love var, at LMH kunne starte højskolen op igen fra november 1945. Men det blev der alligevel ikke mulighed for. Man fik derefter et lejemål på ”Gillegård” nær Gilleleje, hvor man afviklede vinterholdet 1945/46.
En af skolens lærere, K.P. Korsholm, blev dansk lejrleder for flygtningene på LMH, og han forsøgte at være lidt til hjælp for disse mennesker. Han arrangerede blandt andet gudstjenester, hvor omkring halvdelen af de mange flygtninge deltog.
Der var tyske flygtning på LMH helt indtil 6. marts 1946, hvor de sidste forlod skolen. Den 10. marts begyndte så et omfattende renoveringsarbejde, som murermester Carl Christensen, Hillerød stod i spidsen for.
Alt skulle have en ansigtsløftning, der var undertiden 30 håndværkere i gang. Alt dette kunne dog ikke nås på de små to måneder, før kursusstart, så der var stabler af flyttegods bagerst i skolestuen under hele sommerholdet.
Den 4. maj 1946 begyndte så 96 kvinder på deres sommerhøjskoleophold. Det var skolens hidtil største hold.
